Археолошко одделение
Археолошкото одделение врши собирање, евидентирање,заштита и стручна обработка, на музејски материјал и музејски предмети кои потекнуваат од широк временски период од праисторијата до средниот век. Покрај тоаорганизира постојани и повремени тематски изложби и ги презентира резултатите од истражувањата во стручни публикации.
Интересот за археолошкото културно наследство на оваа почва започнува кон крајот на педесетите и почетокот на шеесетите години со рекогносцирањето на теренот и првите археолошки ископувања. Притоа евидентирани се околу стотина археолошки локалитети а како најзначајни се издвојуваат наколните населби Уста на Дрим, и Врбник во Охридското езеро, Црквени Ливади во с. Враништа, локалитетите Св. Илија с.Делогожда,Плачикруша с. Добовјани, Гробишта с. Корошишта, како и трите ранохристијански базилики во селата Радолишта, Октиси и Ташмаруништа. Овие базилики имаат уникатни подни мозаици од периодот V-VI век, а во Спомен домот на браќата Миладиновци се наоѓа постојана поставка во која се изложени дел од мозаиците од базиликата во с. Октиси.Останатиот дел од овие мозаици ( околу 70 м² ) од ноември 2022 г. се изложени во нов објект- Конаци со изложбен простор, кој е изграден од страна на црковниот одбор на с. Октиси и се наоѓа во дворот на црквата Св. Никола, каде всушност е откриена ранохристијанската базилика со мозаици.
Археолошкиота збирка на музејот е богата, разновидна и се состои од предмети од коска (харпуни, длета), камен (секири), керамика(кантароси чинии, тави, хидрии), метални орудија и оружја, накит и стакло.